Certains croient que le nom de cette église, devenue basilique à la fin du XIXè siècle, est dû au poisson qu'on aurait pêché dans la Garonne toute proche. Outre que la daurade (ou dorade) est un poisson de mer qui n'aurait pas bien vécu un séjour dans la Garonne, le nom de l'église provient de peintures dorées (ou d'une mosaïque en or).

La Daurade offre un bel exemple de permanence d'un lieu de culte. Avant d'être chrétien, l'emplacement de la Daurade était occupé par un temple romain en forme de dodécagone (douze côtés). L'église initiale reprit cette forme et fut dédiée à la Vierge Marie. Sa proximité avec le palais wisigothique atteste sans doute qu'elle eût un rôle important au haut Moyen Age. Au XIè siècle, l'église est donnée aux moines de Moissac et commence à être modifiée en même temps qu'elle se trouve intégrée dans de nouveaux bâtiments conventuels. Au choeur en forme de dodécagone (et couvert d'une coupole) est ajoutée une nef de style roman. Le poids des siècles étant bien lourd pour la pauvre coupole, celle-ci est remplacée par un dôme au milieu du XVIIIè siècle. Les travaux de réaménagement des bords de la Garonne conduisent à la destruction d'une partie de l'église qui devait dans sa nouvelle version ressembler à Saint-Pierre de Rome. Le départ de l'archevêque Loménie de Brienne puis les temps révolutionnaires réduisirent les ambitions. Une façade de style classique donnant sur la Garonne fut construite et terminée en 1884 mais la coupole devant surplomber l'ensemble ne fut jamais construite.

L'église de la Daurade abrite une Vierge noire de grande renommée (on n'a guère de certitudes quant à l'origine de la couleur noire de cette Vierge). Attestée dès le Xè siècle, elle fut volée au XIVè siècle. La copie réalisée fut brûlée à l'époque de la Révolution. La statue actuelle est donc une reproduction réalisée sous le Premier Empire.