On peut difficilement dissocier la ville de Toulouse du fleuve qui la traverse. Née dans les Pyrénées espagnoles, la Garonne coule selon une direction sud-ouest/nord-est après son entrée en France. On a coutume de dire que le fleuve reste torrentiel jusqu'au sud de Toulouse et qu'il devient ensuite un fleuve de plaine. Mais, Toulouse - au niveau du Pont-Neuf - marque le changement de direction de la Garonne qui, en une courbe harmonieuse, oblique vers le Nord-Ouest et entame sa traversée du Bassin aquitain.

L'histoire de Toulouse est liée au fleuve puisque c'est l'existence d'un gué, le Bazacle, qui explique l'installation de populations près de la Garonne et le développement d'une circulation commerciale. Le coeur de la ville s'est établi sur la rive droite qui, se trouvant sur une terrasse de dix mètres au-dessus du fleuve, était à l'abri des crues ; au contraire, la rive gauche (quartier Saint-Cyprien) fut tout au long des siècles menacée par l'invasion des eaux de la Garonne (bien que le quartier soit dédié à Cyprien, c'est pour saint Nicolas, patron des pêcheurs et des noyés que sera construite l'église paroissiale au XIVè siècle). La Garonne, outre son rôle commercial, apporte cependant des bienfaits (installations de moulins au Bazacle).

Le cours de la Garonne n'est pas fixé jusqu'au XVIIIè siècle (le lit se déplace, faisant et défaisant des îles, créant des bras dont la Garonnette demeure un exemple en dépit de son asséchement dans les années 50). L'aménagement urbain conduit à la construction de digues en briques pour protéger les rives (celles-ci sont beaucoup plus élevées sur la rive droite que du côté Saint-Cyprien où le Cours-Dillon est édifié mais n'est qu'un rempart bien modeste). Le XVIIIè siècle voit aussi la création de nouveaux ports (un du côté de Saint-Cyprien, deux du côté de la ville haute). Le traitement architectural des rives de la Garonne aurait pu conduire à la création d'un espace majestueux comme à Bordeaux mais le départ de l'archevêque Loménie de Brienne pour Sens mit fin aux travaux qu'il encourageait.

En juin 1875, la Garonne connait une crue particulièrement violente. Les eaux (côte de 9,47 m) submergent le quartier Saint-Cyprien qui est en grande partie détruit : il y a plus de 200 morts. Seul le Pont-Neuf résiste à la furie du fleuve. C'est à l'occasion de ce drame que le président de la république Patrice de MacMahon s'exclame le 26 juin "Que d'eau ! Que d'eau !". Des digues en béton seront construites dans les années 1950 après une dernière crue qui submergea encore le quartier Saint-Cyprien (l'eau entrait en fait dans cette partie de la ville par le sud qui n'était pas protégé). Depuis cette époque, la Garonne est devenue un des éléments majeurs du paysage de la ville avec une mise en valeur de ses rives (notamment avec l'aménagement de la Prairie des filtres, la reconstruction du Pont Saint-Pierre, la création d'un point d'observation sur le fleuve dans le jardin Raimond VI ou la réalisation d'une "passerelle" permettant de remonter le fleuve côté rive gauche du Pont-Neuf au Pont des Catalans.